Ante la ausencia de un marcador genético del autismo, las pruebas médicas realizadas van encaminadas a la investigación de una etiología del proceso que nos aporte información sobre el origen del proceso, posibilidades de recurrencia, pronóstico y posibles tratamientos si los hubiera. Esto ocurre entre un 10 y un 30% de los casos. Sin embargo esto no nos debe llevar a engaño, ya que el rendimiento diagnóstico en las series de autista a las que se les aplica una determinada rutina diagnóstica para llegar a conocer la etiología está entre el 2 y el 7%.

El papel de las exploraciones complementarias en este sentido es muy limitado ya que en el mejor de los casos se obtienen positividades de un 5%. En la mayoría de los casos se llega a un diagnóstico etiológico por los datos suministrados por la anamnesis o la exploración física. Es importante insistir que en general siempre que se asocie retraso mental y/o epilepsia existen más posibilidades de que las pruebas médicas resulten positivas.

De las pruebas médicas la que alcanza un mayor rendimiento sin duda son los estudios genéticos, estando indicado realizar de forma rutinaria un estudio citogénetico y un estudio molecular del síndrome del cromosoma X frágil en todos aquellos casos que asocien retraso mental o que éste no pueda descartarse. Los estudios metabólicos estarían indicados solo en aquellos casos en que los pacientes presenten datos clínicos sugestivos de metabolopatías. Es importante no olvidar que la población que atendemos puede proceder de países en los que no se realiza el screening de metabolopatías al nacimiento.

Por último los estudios de imagen a pesar de que demuestran un buen número de anomalías éstas suelen ser inespecíficas y no suelen conducirnos a un diagnóstico etiológico. Por ello su práctica debería limitarse a aquellos casos que bien por la anamnésis o por los datos de la exploración física se sospecha una alteración estructural del sistema nervioso central.